La filtration va déterminer en grande partie l'équilibre biologique de l'aquarium.
La filtration à pour rôle d'épurer l'eau des ses polluants. Le principe est de faire circuler l'eau à travers des masses filtrantes.

En dehors des gros déchets qui sont retenus dans les mousses ou ouate du filtre (filtration mécanique), il y a des éléments chimiques qui ne se voient pas et qui sont dissous dans l'eau. Ces éléments proviennent de la décomposition des déchets organiques (déjections des poissons, débris végétaux, nourriture en excès ...).

Heureusement de nombreuses bonnes bactéries nitrifiantes dégradent les déchets organiques pour les transformer d'abord en ammoniaque, puis en nitrite et finalement en nitrates. C'est le cycle de l'azote.

L'ammoniaque et les nitrites sont très toxiques pour les poissons. En temps normal, il n'y en a pas dans l'eau puisque les bactéries nitrifiantes les transforment au fur et à mesure.

Le second rôle du filtre est donc d'héberger un maximum des ces bonnes bactéries pour dépolluer l'eau. c'est la filtration biologique (nouille de céramique...). Les bactéries ont besoins d'oxygène pour vivre et travailler. C'est pourquoi in ne faut jamais arrêter la pompe, sauf pour nettoyer le filtre.

Quant à la filtration chimique, elle permet de faire passer l'eau à travers des matériaux qui vont modifier sa composition ou capturer certains éléments chimiques indésirables (par exemple le charbon actif capture les tanins qui colorent l'eau et les résidus de produits chimiques tel que les médicament).